Visualização de dados de genomas
A visualização de dados genômicos é usada para organizar, representar e comunicar as informações biológicas associadas aos genomas e explorar os dados para possibilitar a geração de hipóteses. Ao longo […]
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Scaffolding de genomas
Os softwares montadores de genomas geralmente produzem conjuntos de contigs fragmentados devido às limitações das tecnologias de sequenciamento e à complexidade dos genomas. Os métodos de scaffolding são utilizados para […]
Redes Filogenéticas
O A história evolutiva compartilhada por um conjunto de organismos geralmente é representada por uma árvore filogenética, que impõe uma estrutura estritamente bifurcada [1,2]. Entretanto, cenários evolutivos mais complexos que […]
Protein Families Database (Pfam)
O banco de dados Pfam (http://pfam.xfam.org/) reúne informações sobre famílias de proteínas, sendo amplamente usado na anotação funcional de genomas, transcritomas, proteomas e metagenomas [1]. O Pfam é organizado a […]
Predição de Secretomas
As proteínas produzidas pelas células são transportadas para diferentes compartimentos subcelulares para desempenharem suas funções biológicas. Algumas dessas proteínas são secretadas para fora das células e desempenham funções importantes nas […]
Pangenômica
O Pangenoma é o repertório de genes observado nos genomas de organismos de uma determinada espécie ou grupo taxonômico. Esse conjunto de genes é constituído pelo genoma core e o […]
Ontologias Gênicas: conceitos &definições.
O Gene Ontology (GO) [http://geneontology.org] é um vocabulário controlado de termos criado para representar as informações biológicas de forma organizada. O GO fornece uma estrutura e um conjunto de conceitos […]
Modelos de substituição de nucleotídeos
O cálculo das distâncias genéticas entre pares de sequências incluídas em um alinhamento é uma etapa essencial dos estudos filogenéticos, pois essas distâncias fornecem as bases para a inferência da […]
Métricas para avaliação de montagens de genomas
O crescente número de iniciativas visando o sequenciamento dos genomas de diferentes organismos tornou necessário o desenvolvimento de métricas para avaliar a qualidade dos dados gerados. Essas métricas sãousadas para […]
Genômica comparativa e classificação taxonômica
A taxonomia de microrganismos procariotos é constituída por três áreas inter-relacionadas: classificação, nomenclatura e caracterização. A classificação é o agrupamento de microrganismos semelhantes em grupos taxonômicos. A nomenclatura é a […]