A visualização de dados genômicos é usada para organizar, representar e comunicar as informações biológicas associadas aos genomas e explorar os dados para possibilitar a geração de hipóteses. Ao longo dos últimos anos, centenas de ferramentas de visualização de dados genômicos foram publicadas e isso é um indicador da ampla aplicação dos dados genômicos na pesquisa biológica [1].
Dentre os softwares disponíveis que possuem interface gráfica, destacam-se o Integrative Genomics Viewer (IGV) [https://software.broadinstitute.org/software/igv] [2], o Qiagen CLC Main Workbench [3] e o Geneious [4]. O IGV é um software gratuito e representa uma solução viável para o usuário explorar e integrar dados genômicos, uma vez que oferece suporte aos principais tipos de dados associados à análise de genomas (incluindo dados de mapeamento e polimorfismos). O CLC Main Workbench e o Geneious são softwares que se destacam por apresentarem ferramentas de visualização de dados de genomas de fácil utilização até mesmo por usuários menos experientes. Esses dois softwares possuem licenças comerciais, que são renovadas anualmente, e também são disponibilizados em versões de testes, que podem ser usadas por um curto período de tempo. Após expiradas as licenças, esses softwares ainda podem ser usados no modo restrito e as suas ferramentas de visualização permanecem disponíveis. O IGV, o CLC Main Workbench e o Geneious foram desenvolvidos usando a linguagem de programação Java e possuem versões compatíveis com os principais sistemas operacionais (Linux, MacOS e Windows).
Dentre as ferramentas disponíveis em servidores web, destacam-se o CGView [http://cgview.ca/], o GenomeVx [5] [http://wolfe.ucd.ie/GenomeVx/] e o Clico FS [http://clicofs.codoncloud.com] [6]. As ferramentas CGView e GenomeVx produz visualizações de genomas circulares e são muito usadas na análise de genomas de organismos procariotos e de organelas. A ferramenta Clico Fs usa o software Circos [http://circos.ca/] para produzir visualizações circulares e também permite gerar representações dos múltiplos cromossomos de genomas eucariotos.
Referências:
[1] Nusrat, S., Harbig, T. and Gehlenborg, N. (2019), Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum, 38: 781-805. https://doi.org/10.1111/cgf.13727
[2] Robinson, J. T., Thorvaldsdóttir, H., Winckler, W., Guttman, M., Lander, E. S., Getz, G., & Mesirov, J. P. (2011). Integrative genomics viewer. Nature biotechnology, 29(1), 24–26. https://doi.org/10.1038/nbt.1754
[3] Versão de teste disponível para download em: https://digitalinsights.qiagen.com/downloads/product-downloads/
[4] Versão de teste disponível para download em: https://www.geneious.com/
[5] Wei-Hien Cheong, Yung-Chie Tan, Soon-Joo Yap, Kee-Peng Ng, ClicO FS: an interactive web-based service of Circos, Bioinformatics, Volume 31, Issue 22, 15 November 2015, Pages 3685–3687, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv433
[6] Conant GC, Wolfe KH. GenomeVx: simple web-based creation of editable circular chromosome maps. Bioinformatics. 2008 Mar 15;24(6):861-2. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm598
